Sコースは当初予定していたコースが倒木で不通となり、大会開催日までの復旧見通しが立たないためコース変更となった。変更後のSコースは変更前のルートより高低差こそ少なくなったが、走行距離は180kmから195kmと増えている。高低差が少なくなったとはいえ、ほかのコースにはない険しい山岳路を走るスペシャルカテゴリーであることには変わりない。早朝5時30分、一番早く佐和田をスタートした後、他のコースは大野亀を回る海岸線を走るが、Sコースは途中から大佐渡の山岳地帯を横断する「海府幹線4号」に入る。このルートには標高418mの峠超えがある。なお、真更川-北小浦区間ではSコース参加者のタイム計測を実施（成績上位の方には山岳賞を授与）。両津BSの先、Aコースは海岸沿いのルート（佐渡一周線）を走るが、Sコースはさらに標高差が400m近くある山岳路「赤玉両津港線」に入る。峠を越えて海岸線に出てからは再びAコースと合流、島の南部を周回してゴールの佐和田に向かう。